Fluorescuojantys dažikliai yra junginiai, turintys specialią struktūrą, ir jų struktūrines ypatybes daugiausia sudaro šie trys taškai:
(1) Molekulėje yra fluorescenciją skleidžianti grupė, tokia kaip karbonilo grupė, dviguba azoto ir azoto jungtis, dviguba anglies ir azoto jungtis ir kt.
(2) Molekulėje yra auksochromo grupės. Auksochromo grupė daro spektrą raudoną poslinkį ir padidina fluorescencijos efektyvumą, pvz., Pirminę aminogrupę, antrinę aminogrupę, hidroksilo grupę, eterio jungtį, amido grupę ir pan.
(3) Molekulėje yra konjuguotų π jungčių su standžia plokščia struktūra. Kuo didesnė intramolekulinė konjuguota sistema, tuo stipresnis plokštumas, tuo didesnis fluorescencijos intensyvumas. Kai kurie veiksniai, galintys pagerinti konjugacijos laipsnį, gali padidinti fluorescencijos efektyvumą ir perkelti fluorescencijos bangos ilgį ilgosios bangos kryptimi.
